邓石如的篆刻是从徽派入手的。晚明至清初的徽州地区印人是一个强势群体，对周边的辐射力持久而广泛。在邓石如三十六岁到四十一岁的作品中，还可以找到摹习何震、梁袠的例子。“折芳馨兮遗所思”、“聊浮游以逍遥”（图1）两印即是。显然，此期邓氏进一步夯实了对徽宗圆劲婉转一路朱文的把握能力，同时又融入了“以书入印”的因素，遂表现出更多的自然率真情性。
“淫读古文甘闻异言”（图2）、“意与古会”（图3）、“江流有声断岸千尺”（图4）是这一时期有代表的创作，可以视为邓氏一生的基本风格。“淫”印以小篆作白文，是颇为大胆的突破，不甘落入前人“朱文用秦、白文用汉”的陈规。此印在布局上并无突出的匠意安排，流露明确的自然主义倾向，给人以一气呵成的气势。在刀法方面，此期作品则开始走出徽派印人讲求笔画匀整、工致的习尚，以较为自由的运刀手法表现线条，走刀如笔、转运轻浅的特点已经形成。从这一点上看，邓石如刀法的“写意”性格也已经十分鲜明。
“意与古会”与“江流有声断岸千尺”在章法上颇有特色。前者三密一疏，构图自有空灵之处；后者以对角虚实相互交叉，读来饶有起伏，是作者的匠心所在，堪称绝胜之作。
更为自由率性一路朱文风格，大约在他中年所作“陶然有余欢”（图5）、“写真石貌寻常人”等印作中达到极致，刀法也益加自然畅达，因而刀笔之下别具风格。吴熙载承接衣钵，将之推向若无其事的境地，完成了邓派刀法的构建。他四十六岁到五十五岁前后遗存的作品较多，其中刻予罗聘者为一大宗。此外尚有“一日之迹”、“十分红处便成灰”（图6）、“疁城一日长”（图7）等，都是邓氏的经典作品。这些作品风格上较之前一阶段又有变化，即由相对稳健走向灵活洒脱，更加注重书写的意态，可以说几乎完全是以书为印，邓氏个性的特色十分强烈。
邓石如的篆书自成一家，与其隶书同被包世臣尊为“国朝第一”，且于各体篆书均能得心应手，因而印作在篆书变化上也是我自为法，不蹈故常。除了圆劲的小篆为主体外，方正的缪篆风格也偶见佳作，如“雷轮”、“承学堂”、“春涯”（图8）等，具有正而不板，浑厚端庄仍不失生动的气息。是其篆书技巧娴熟的妙处。
邓石如的边款，主要是源于歙派一脉的影响，双刀冲刻的方法与程邃比较合拍。从书体来看，邓氏虽以行书为主，但篆、隶、草、楷各体皆备，这在同时代印家中亦不多见。但邓氏的镌刻技法又有很大的突变性，不少行书边款似以刀尖近于垂直地“写出”，邓石如自称此为“刺字”，显得古拙凝重而稍少起伏。多样的字体与并不稳定的技法，也说明了邓氏喜于探索，随心所至、不拘成法的独行客性格，这在明清篆刻家中也是十分突出的。
邓氏一生篆刻数量并不太多，作品的形式和技法变动较大，水准的高下颇有落差。邓石如一生主要以书法作为自己面向社会的艺术展示方式，在当时的地位也远高于他的篆刻。这是影响他的创作数量的原因之一。另一原因，则是他的“任侠”的性格因素，促使他对世风重技巧、重经营产生顽强的反叛。走出“印从书出”的新路，高扬“常计白以当黑，奇趣乃出”的艺术审美观念，是他独立性格的结果。经过历史的沉淀，邓石如作为篆刻史上开宗立派人物的历史地位，越来越清楚地凸现在人们面前。作品所表达的审美理想与技法语言决定了这一地位，而不在于数量的多少。