无菌包装材料一般有金属罐、玻璃瓶、塑料容器、复合罐、纸基复合材料、多层复合软包装等几种。
金属罐
无菌包装使用最早的包装材料之一，主要分马口铁罐和铝罐两种，目前世界上金属罐无菌包装的最先进的典型代表是美国的多尔无菌装灌系统。多尔系统所采用的金属罐杀菌方法是干热杀菌，即采用高温过热蒸汽来杀菌，当空罐在输送链上通过杀菌室时，过热蒸汽车上下喷射45秒钟，这时罐温上升到221－224℃，罐盖也采用287－316℃的过热蒸汽杀菌75－90s，这些温度足以杀灭全部的耐热细菌。该灌装系统的特点是：所有容器和设备均采用过热蒸汽杀菌，无菌程度高；罐头内部顶隙残留空气极少，几乎处于高真空状态，产品的质量安全可靠。
玻璃瓶
随着制造技术的发展，近年出现了轻量强化玻璃瓶，该技术的发展大大提高了玻璃瓶的耐热冲击性，大大推动了无菌包装技术的应用。我们可以采用饱和蒸汽对该玻璃瓶进行杀菌，接着进行灌装和压盖。杀菌时，温度为154℃，时间为1.5秒。
塑料容器
塑料是无菌包装中发展最快应用最广泛的材料，具有成本较低，形状多样化，机械适应性强等特点，近年来随着塑料薄膜的共挤复合以及容器成形技术的不断发展，塑料将成为无菌包装材料的主角。对于塑料包装材料的要求主要是具有对食品的保护保存性、适应流通的机械强度、包装机的适应性以及商品性等，尤其要求对氧气和水蒸汽有较高的阻隔性，因此当前世界各国所采用的无菌塑料材料主要是复合薄膜。
复合罐
一般是由两种以上材料组成的三片罐，即底和盖用金属罐，身用铝箔、纸板或聚丙烯等材料制成。复合罐具有印刷装潢效果好，成本低，质量轻，处理方便而不造成公害等优点，但复合罐的气密性比金属罐差，耐热性也差。
由于复合罐的耐热性较差，因此一般采用127℃左右的热空气杀菌，果汁在93℃以上温度杀菌后冷却到80℃进行热罐装，在灌装和密封区都采用无菌空气来保持正压，以防细菌污染。复合罐仅限于灌装高酸性的果汁这种低温和高酸性的条件下。
纸基复合材料
纸基复合材料容器是由纸、聚乙烯、铝箔等多种材料组成，西欧各国的无菌包装较多采用这类容器，尤以瑞典的利乐包装公司生产的无菌砖形盒、菱形袋为典型。这种厚约0.35mm的复合材料由8层材料构成，对氧气和水蒸汽的阻闭性极佳，而且印刷装饰效果也很好，饮用方便，产品的货架期长，是饮料无菌包装的理想材料。
纸容器的灭菌是采用过氧化氢与加热相结合的方法。先将包装材料经过过氧化氢水浴，然后在灌装时在进料管部位采用管形加热元件，使其间空气温度高达430℃，使纸表面的过氧化氢液膜迅速分解成水和新生态氧，这种氧具有极强的杀菌能力，使容器达到无菌的要求。
以德国PKL生产的康美盒为例，它是一种6层结构的复合软包装材料。最外层为聚乙烯，然后依次是白纸板、聚乙烯、铝箔、粘结层，最里层也是聚乙烯，采用白板纸代替牛皮纸作为基衬，使得纸盒的刚性大大加强。
新的无菌包装材料
纳米抗菌包装材料是近几年来刚刚兴起的新的无菌包装材料，它运用纳米技术对纯天然的基础材料进行改造，使之发挥出惊人的杀菌效果。抗菌、无菌包装能使菌体变性或沉淀，一旦遇到水，便会对细菌发挥更强的杀伤力，且吸附能力强，渗透力也很强，多次洗涤后也还有较强的抗菌作用。
